การจัดการเรียนรู้ในระดับประถมศึกษาของโรงเรียนต้นกล้า มุ่งเน้นการพัฒนาความรู้ ทักษะ และคุณลักษณะที่ดีของผู้เรียน ภายใต้ Integrated English Program (IEP) โปรแกรมการเรียนรู้สองภาษาที่จัดสัดส่วนเวลาเรียนเป็นภาษาอังกฤษ 50% และภาษาไทย 50%

ใช้แนวทาง Integrated – Experience – Project (IEP) เป็นกรอบหลักในการออกแบบกิจกรรมการเรียนรู้ โดยเน้นการเชื่อมโยงเนื้อหากับบริบทจริง การเรียนรู้จากประสบการณ์ตรง และการต่อยอดสู่การพัฒนาโครงงาน เพื่อส่งเสริมการเรียนรู้อย่างลึกซึ้ง พัฒนาทักษะการคิด สร้างความสุขในการเรียนรู้ และเสริมความสามารถในการประยุกต์ใช้ความรู้ในชีวิตประจำวัน และให้ความสำคัญอย่างยิ่งต่อการวางรากฐานทางวิชาการ โดยเฉพาะในด้านที่จำเป็นต่อการเรียนรู้ระยะยาว ได้แก่ คณิตศาสตร์ ภาษาอังกฤษ และการอ่านออกเขียนได้

 โรงเรียนต้นกล้าเชื่อว่าการเรียนรู้ที่สอดคล้องกับพัฒนาการของผู้เรียน จะเกิดขึ้นได้จากความสมดุลขององค์ประกอบสำคัญ ได้แก่ ความรู้ (Knowledge) ทักษะ (Skills)  เจตคติ (Attitudes)  ความคิดสร้างสรรค์และจินตนาการ (Imagination) และ ความมีหลักการหรือการยึดมั่นในความถูกต้อง (Integrity) ซึ่งล้วนเป็นรากฐานสำคัญของการเติบโตอย่างมั่นคง ทั้งในด้านวิชาการและการดำเนินชีวิต